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(21) バイオインフォマティクス教材コンテンツ
シェーマ
2003年02月02日 日曜日 14時12分

シェーマ@新潟 です。何個所かに同報します m(_ _)m。

 Protein Data Bank(PDB)データと分子表示プラグインのChimeを活用したWebコンテンツの新作を作り始め,公開しました。

・PDBデータのLigand結合部位
  http://www2d.biglobe.ne.jp/~chem_env/pdb/pdb_site.html

 PDBデータにはSITE行にLigand結合部位(活性部位)が記載されたものがあるので,そこだけ抜き出したデータを作成するなどしたものです。Chime&Rasmolスクリプトによりボタンを押すだけで,いろいろな情報を表示できるように工夫しました。
 なお,SITE情報のないPDBデータから酵素活性部位を抽出するソフトもあり,それに関する解説ページ(杉野圭司さんによる) へのリンクも掲載しています。

 また,上記ページ冒頭のサンプル図は,計算科学による環境ホルモン研究でも使われている女性ホルモンの受容体の例ですが,別の女性ホルモン受容体データのSITE情報と同じ配列になっていることがわかるなど,いろいろ試せそうです(バイオインフォマティクスの専門家はご存知のことばかりなのでしょうけれど)。

 計算機による環境ホルモン研究については,

・環境ホルモンの3D-QSAR紹介
  http://www2d.biglobe.ne.jp/~chem_env/env/eh_calc05.html

に少し書いてあります。

 また,化学物質が環境に及ぼす影響の評価にQSARを用いることについては,先日環境省・厚生労働省・経済産業省から公表されたばかりの,

・「今後の化学物質の審査及び規制の在り方について」について(2002/01/30)
  http://www.env.go.jp/press/press.php3?serial=3899
  http://www.env.go.jp/council/05hoken/y053-r1.pdf

の「2.審査・規制の基本的考え方及び枠組みについて (1) 生態毒性の審査の基本的考え方」に,以下のように記載されています。

| ○具体的な評価の方法としては、生態系の機能において重
| 要な食物連鎖等の|関係に着目し、生産者、一次消費者、二
| 次消費者等の生態学的な機能で区別|して、それぞれに対応
| する生物種をモデルとして用いるとの考え方に基づき、|試
| 験実施が容易な藻類、ミジンコ類、魚類の急性毒性試験の
| 結果を用いて評|価することが適当と考えられる。なお、評
| 価に用いる試験の項目や対象生物|種に関しては、化学物質
| の環境中における挙動等も考慮しつつ、今後の科学|的知見
| の充実や国際的な動向を十分踏まえ、将来において、必要
| に応じその|内容について見直すことを可能とするような柔
| 軟な仕組みとすることが適当|である。また、今後、(定量
| 的)構造活性相関((Q)SAR)の活用の可能|性について
| 検討する必要がある。

 さらに,今回のコンテンツを利用して,これも先日公開したばかりの携帯向け新作,

・携帯Protein
  http://www2d.biglobe.ne.jp/~chem_env/ip/

に掲載するデータも増やしていく予定です。

     === シェーマ/本間善夫(GEH05313) ===





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